A transição para o uso de energias renováveis em condições economicamente sustentáveis requer em primeira mão o armazenamento em larga escala de suas matrizes, em especial o gás H2. Estoques de H2 permitem um fornecimento imediato de energia para suprir demandas diárias, bem como amenizar flutuações de variações de preços de mercado. Uma das opções mais viáveis atualmente consiste em injetar o gás H2 em cavernas subterrâneas de sal como utilizado na Europa e EUA. No Brasil, embora esta atividade ainda seja incipiente, a exploração do pré-sal disponibilizou uma rede de poços exauridos de óleo com potencial para serem usados como reservatórios de H2. Contudo, a possibilidade de armazenar gás H2 no pré-sal enfrenta desafios. Isso porque, durante a exploração do petróleo são injetados fluídos para sua recuperação, os quais invariavelmente introduzem micro-organismos, especialmente bactérias e arqueias, são adaptáveis às condições ambientais presentes e exercem significante prejuízo ao armazenamento do H2. O impacto do metabolismo microbiano sobre o gás H2 é prejudicial do ponto de vista comercial, uma vez que diminui sensivelmente a quantidade de H2, e ambiental ao produzir como subproduto o gás H2S. Além disso, o H2S tem uma ação corrosiva imediata nas estruturas metálicas empregadas no transporte e armazenamento do H2. Este trabalho descreve o estado da arte sobre os diferentes aspectos da ação microbiana sobre o gás H2 em uma situação de armazenamento em cavernas de sal.